1884년 12월 17일, 26살에 결혼을 하고, 1885년 2월 2일 목사 안수를 받아 당시 아프리카보다 더 미개한 나라로 알려진 조선 땅에 아내와 함께 복음을 들고 들어온 아펜젤러는 1885년 4월 5일 오후 3시 제물포에 도착하여 이렇게 기도합니다.
“사망의 빗장을 산산이 깨트리시고 부활하신 주님께서 이 나라 이 백성들이 얽매여 있는 굴레를 끊으사 그들에게 하나님의 자녀가 누리는 빛의 자유를 하락해 주옵소서!”

1902년 6월 11일 44세에 불의의 사고로 군산 앞바다에서 순직할 때까지, 17년간 그의 사역은 대단하였습니다. 최초로 조선 땅에 교회를 세운 분이며, 최초로 근대교육 기관을 설립한 교육자이며, 성경 번역가, 계몽 운동가였습니다.
아펜젤러가 사고를 당한 여객선에서 살아나야 할 이유와 명분은 너무도 많았습니다. 아직 44세 젊은 나이이며, 한 가정의 가장으로 사랑하는 아내와 어린 자식들이 있습니다. 자신이 세운 학교와 교회를 지켜야합니다. 성경을 번역하던 일을 마쳐야 하고, 침탈해 오는 악랄한 일제로부터 조선과 교회를 지켜야합니다. 그러므로 침몰하던 쿠마카와 마루호에서 구명조끼를 입고 살아나는 것은 당연한 일이고, 누구 하나 그를 비방할 이유가 없으며, 위기의 순간에 침착하게 탈출 했다고 칭찬받을 일입니다. 그런데 그 당연한 일을 포기했습니다. 이것은 성탄절 강림하신 주님의 모습입니다.

이덕주 교수의 논문을 보면 “아펜젤러가 해상조난사건으로 목숨을 잃은 1년 후, 1903년 5월 그가 담임했던 정동제일교회에서 제19차 미감리회 한국선교 연례회가 열렸다. 연회에 참석했던 회원들은 아펜젤러의 죽음을 애도하며 그를 추모하는 글을 지어 연회록에 삽입하기로 결의하고 그 일을 존스(G. H. Jones, 조원시)에게 맡겼다. 연회 결의대로 존스가 작성한 추도문은 아펜젤러의 마지막 순간을 다음과 같이 묘사하였다.
“생존자 중 한 사람이 그의 마지막 모습을 보았는데 그에 따르면 아펜젤러는 2등 칸으로 향하는 갑판 승강구로 가고 있었다고 한다. 그렇다면 그는 자기가 책임져야 할 한국인들을 생각하고 있었다는 말이다. 그 위기와 죽음의 순간에도 그는 오직 한국인들만 생각했다는 것이다. 우리는 그랬으리라 믿는다. 그는 생의 마지막 힘을 한국인들을 돕고 살리려는데 쓰려 했던 것이다. 그는 운명의 배와 함께, 그리고 그가 그렇게도 사랑했던 한국인들과 함께 가라앉았다. 파도는 그를 덮어 버렸고 무덤이라도 쓰기를 바라는 우리의 소박한 소원마저 삼켜버렸다.”
아펜젤러는 탈출하기보다는 동행하던 자신의 어학 선생 겸 조수인 조한규와 정신여고 여학생을 구하기 위해 2등 실로 내려가다가 조난을 당했습니다. 이로써 “아펜젤러는 마지막 순간까지 복음을 전하기 위해 왔던 피선교지 한국인을 사랑하여 자기 목숨을 희생한 선교사의 전형으로 기록되기 시작하였다.”라고 했습니다.