총회(總會)는 전국 단일조직으로 1개이며, 2년마다 한번씩 개최합니다. 그리고 홀수년도에는 입법의회로 모여 감리교회의 신앙과 법(교리와 장정)을 개정하는 입법 활동을 합니다. 이 회의 의장은 각 연회의 대표자들에 의해 선거를 통해 선출된 감독회장이 맡습니다.
감독회장은 4년 단임으로 기독교 대한 감리회를 대표하는 영적지도자이며, 행정수반으로서 총회실행 위원회와 감리회본부를 지휘, 감독합니다. 총회에서 결의된 사항이나 추후 발생하는 문제는 총회 실행부위원회가 처리하게 됩니다.
총회실행부위원회는 감독회장과 각 연회 감독, 선교연회 관리자와 각 연회의 총회대표중 교역자와 평신도 각 1명, 총회 정.부서기 및 감사위원장과 서기, 남,여,청장년 선교회 및 청년회 교회학교의 전국연합회의 장에 의해 구성됩니다.
감리회 본부(광화문 감리회관)는 감리교회 총회(의회)의 행정부로서 감리교회의 각종 정책 수립과 행정, 선교,교육, 평신도 사업, 유지재단,은급재단, 태화사회복지 재단, 사회복지재단, 장학재단의 관리 및 출판업무를 집행하는 기구입니다.
감리회본부에는 선교국, 교육국, 사회평신도국, 사무국, 행정기획실이 있으며, 각 국의 장은 총무로, 행정기획실은 실장으로 호칭합니다. 또한 감리교회의 서적을 제작 판매하는 도서출판KMC는 본부 기관으로 별도로 있습니다.
지방회는 개체교회의 담임자와 장로, 구역 대표자 및 연합회 대표, 연회원들에 의해 구성되는 연례회의로서 의장은 연회에서 지방회 정회원 목사와 동수의 평신도 대표로 구성된 선거인단에 의해 선출되고 연회 감독에 의해 임명된 2년 임기의 감리사(목사)입니다.
구역회는 해당 구역의 연례 회의로서 정기구역회는 매년 12월 또는 1월중에 모여 구역 안의 영적 정황 및 수입지출 결산 및 재산권(부동산 구입, 매매, 임대차), 유지재단 편입에 대한 사무를 조사 처리합니다. 또 지방회 대표 선출 및 교역자의 이, 취임식, 주택, 생활비, 은퇴와 은급, 안식년(매7년)에 대한 안건을 협의하여 결정합니다. 또 구역회원 1/3이 요청시에는 감리사는 임시 구역회를 소집합니다.
당회는 세례받은 18세 이상의 입교인과 연회 및 지방회에서 파송한 교역자가 매년 11~12월 중 모이는 의회입니다. 이 의회에 모든 임원의 보고를 받고 집사, 권사, 감사, 교회학교장, 장로를 선출합니다. 기획위원회에서 천거된 임원들을 당회의 결의(장로는 2/3)로 선출하고, 남녀,청장년 선교회의 장과 청년회장을 인준합니다. 보통 담임교역자는 신년 목회계획을 발표하고, 교회의 행정적 보고와 일반 업무를 처리합니다. 개체교회의 부서는 선교부,교육부,사회봉사부,재무부,관리부가 있고 각 부장은 부서에서 선출합니다. 또 담임자의 목회를 돕기 위해 특별위원회를 둘 수도 있습니다.