장정개정으로 말미암아 본부부담금 0.8%를 본부예산으로 사용하되 수납된 본부 부담금 중 20% 범위 내에서 본부 지원비와 연회사업비를 계상 배당해야한다.   또한 본부회계와 재단회계가 분리됨으로 인해 본부회계는 비영리회계로서 고유의 목적에 맞게 예산을 편성하고 집행하게 되었다.

본부회계가 투명하고 효율적으로 집행하기 위해 각 국 회계를 도입하고 더죤 G7 프로그램을 설치하여 합목적에 맞게 예산을 집행하고자 한다. 또한 본부부담금을 현재 각 교회나 지방회 회계에서 연회를 경유하여 입금되던 것을 이제 직접 본부회계로 입금될 수 있도록 시스템을 변경하고자 한다.

또한 조금은 개선되었지만 정직한 통계표 작성으로 책정된 정직한 부담금을 통해 하나님의 사업이 크게 확장되기를 소원한다.

본부회계부 조직은 본부회계 및 각국 회계, 일영연수원 회계, 입석연수원회계, 사회복지 재단회계, 장학재단회계로 구성되어 있다. 회계부가 재단 및 본부회계로 분리됨에 따라 1992년도 작성된 회계규칙 및 예산관리규정을 대폭적으로 개정하고 국 회계의 도입을 위해 회계업무 매뉴얼을 만들어 쉽게 회계처리를 할 수 있도록 준비 중이다. 또한 각 계정과목별 조견표를 작성하여 목적에 맞게 예산을 집행할 수 있도록 추진하고 있다.

1) 예산편성 – 각국 위원회 및 이사회의 승인을 받아 총회실행부위원회에서 심의 편성함.

2) 결산업무 – 미결산계정을 정리하고 결산지침 및 절차에 따라 결산업무를 함

3) 예산통제 – 조견표대로 목적에 맞게 집행하고 예산이 초과되지 않도록 통제함

4) 세무회계 – 부가가치세 및 원천세를 납부함

5)  급여계산 – 매월 25일 지급함

6) 부담금 수입 – 연회를 경유하지 않고 직접 수납함

7) 미수금 관리 – 부담금 등 미수금 내역서를 통지하여 수납함

8) 자금관리 – 효율적인 관리로 이자수입을 극대화함

9) 내부회계감사 – 수시로 증빙서등 점검하여 사고예방을 함

10) 감사 수검 – 1년에 2회 정기감사를 수검함